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『ガンダム無双３』におけるリレーションミッションは、特定のパイロットと“絆”を深め、共感レベルを最大の５に到達させるために用意された専用ミッションです。共感レベルはパイロットごとに１～５の段階があり、一度上昇した数値は絶対に下がりません。レベルを上げると以下のようなメリットが得られます。
- 戦闘中にパートナーとして選択できるキャラクターが増える
- ショップに並ぶ専用スキルがアンロックされる（例：「テンペテーション」「ニュータイプ」など）
- ニュータイプ搭乗時の機体強化や専用機の使用が可能になる
- 特定モビルスーツの性能が底上げされる
共感レベルを効率よく上げるには、通常ミッションだけでなく以下のアクションが効果的です。
- 自機操作：自分で操作することで、そのパイロットの共感値が上がりやすくなる
- 同一マップ参戦：味方として同じマップに登場すると、相手への共感が自然に蓄積される
- パートナー設定：プレイヤーキャラ以外をパートナーに選ぶと、通常では上げにくいキャラの共感も上昇
- 迎撃数トリガー：敵機１００機撃墜ごと、エース機撃墜ごと、制圧アクションごとに少量上昇
- 仲の良い組み合わせ：原作でも関係性が深いキャラを同時に出撃させると、上昇量が増加しやすい
しかし、通常の行動だけではレベル５には届きません。そこで共感レベル４に到達したパイロットを対象に、特別なリレーションミッションが発生します。
「リレーミッション」一覧
| ミッション名 | プレイ条件 | パートナー | オペレーター | 固定僚機 | 固定敵機 | 出現条件 |
| 心を繋げて | アムロ/νガンダム | 一般兵(ビグ・ザム) | アムロの共感Lv4 | |||
| 光を求めて | シャア/サザビー | ナナイ | アムロ、カミーユ バナージ、ハマーン | 一般兵(ビグ・ザム) | シャアの共感Lv4 「時の彼方へ」クリア | |
| 切磋琢磨 | カイ/ガンキャノン | 使用不可 | ハヤト(ガンダム) | カイの共感Lv4 | ||
| 好敵手 | ハヤト/ガンキャノン | 使用不可 | カイ(ガンダム) | ハヤトの共感Lv4 | ||
| ザクとは違うのだよ！ | ランバ・ラル/グフ | ランバ・ラルの共感Lv4 | ||||
| 文化と歴史 | マ・クベ/ギャン | ロラン | マ・クベの共感Lv4 | |||
| 親の心、子知らず？ | ドズル | ドズルの共感Lv4 | ||||
| 宇宙の戦士として | コウ/ガンダム試作1号機 | アムロ(νガンダム) | コウの共感Lv4 わかり合う者たちルート 「因縁の対決」クリア | |||
| 駆け抜ける光 | ガトー/ガンダム試作2号機 | ドズル | ガトーの共感Lv4 | |||
| 究極の感応 | カミーユ/Ζガンダム | フロンタル | カミーユの共感Lv4 | |||
| 記憶の扉 | フォウ | カミーユ(ガンダムMk-II） | フォウの共感Lv4 | |||
| 士官として、人間として | エマ | エマの共感Lv4 | ||||
| 私にできること | カミーユ | ファ | ファの共感 | |||
| 女たちのところへ | シロッコ/ジ・O | バナージ | シロッコの共感Lv4 | |||
| 期待のまなざし | サラ | サラの共感Lv4 | ||||
| 嫉妬のまなざし | レコア/パラス・アテネ | レコアの共感Lv4 | ||||
| ヤザン隊最終試験 | プレイヤーがヤザンでない/ ハンブラビ | ヤザン | ヤザンの共感Lv4 | |||
| 超えるべきもの | ジェリド/ガンダムMk-II（ティターンズ機） | シロッコ | ジェリドの共感Lv4 | |||
| お兄ちゃんといっしょ | ロザミア | ミリアルド、ジュドー、シン、 シーブック、シュバルツ | 一般兵(サイコ・ガンダムMk-II) | ロザミアの共感Lv4 | ||
| 妄執からの解放 | バナージ/ユニコーンガンダム | オードリー | ハマーン | ハマーンの共感Lv4 | ||
| 仲間がいるから | ジュドー/ΖΖガンダム | ガロード | ジュドーの共感Lv4 | |||
| 青春の日々 | ルー/Ζガンダム | グレミー | ルーの共感Lv4 | |||
| あなたはわたし | プル/キュベレイMk-II（プル機） | プルツー | プルの共感Lv4 | |||
| 共に歩む | プルツー/キュベレイMk-II（プルツー機） | バナージ | プルツーの共感Lv4 | |||
| 新旧対決？ ガンダムMk-II | エル/ガンダムMk-II | エマ | エルの共感Lv4 | |||
| 新旧対決？ 百式！ | ビーチャ/百式 | クワトロ | ビーチャの共感Lv4 | |||
| 地母神のゆりかご | グレミー/バウ | プル、プルツー ハマーン | グレミーの共感Lv4 | |||
| 過去と未来と | バナージ/ユニコーンガンダム | 指揮官が量産型キュベレイ固定 (パイロットはランダム) | バナージの共感Lv4 | |||
| 赤い呪縛 | フロンタル/シナンジュ | フロンタルの共感Lv4 「総意の器」クリア | ||||
| 女心と秋の空 | シーブック/ガンダムF91 | セシリー | シーブックの共感Lv4 | |||
| 戦士としての私 | セシリー | 一般兵(ガンダムF91) | セシリーの共感Lv4 | |||
| 誇りが教えてくれること | ウッソ/V2ガンダム | カテジナ | ガトー | ウッソの共感Lv4 | ||
| 力を見せて | プレイヤーがカテジナ、ウッソでない | 使用不可 | カテジナ | カテジナの共感Lv4 | ||
| ファイターの魂とは | プレイヤーがドモンでない | 使用不可 | ドモン | ドモンの共感Lv4 | ||
| 免許皆伝の時！？ | プレイヤーが東方不敗でない | 使用不可 | 東方不敗（マスターガンダム） | 東方不敗の共感Lv4 | ||
| 過ぎたるは及ばざるがごとし | シュバルツ限定 | ドモン、東方不敗 | 一般兵(デビルガンダム) | シュバルツの共感Lv4 | ||
| 世界と共に | ヒイロ/ウイングガンダムゼロ | 刹那 | ヒイロの共感Lv4 | |||
| 敗者への道標 | デュオ/ガンダムデスサイズヘル | ヒイロ | デュオの共感Lv4 | |||
| 感情の行方 | トロワ/ガンダムヘビーアームズ改 | 一般兵(ガンダムデスサイズヘル) | トロワの共感Lv4 | |||
| 一人の戦士として | ミリアルド/ガンダムエピオン | 使用不可 | トレーズ（トールギスII） | ミリアルドの共感Lv4 | ||
| 戦いの終わり | トレーズ | キラ | トレーズの共感Lv4 | |||
| 今日を生きる | ガロード/ガンダムDX | ティファ | トロワ | ガロードの共感Lv4 | ||
| 新しい故郷 | ロラン/∀ガンダム | 一般兵(初回限定 クイン • マンサ、以後 ＭＡ ランダム) | ロランの共感Lv4 | |||
| 機械人形の性能差！ | ソシエ/∀ガンダム | ロラン | ソシエの共感Lv4 | |||
| ギンガナム隊最終試験 | プレイヤーがギンガナムでない | ギンガナム | ギンガナムの共感Lv4 | |||
| たとえすぐには伝わらなくても | キラ/ ストライクフリーダムガンダム | ラクス | 一般兵(サイコ・ガンダム) | キラの共感Lv4 | ||
| 最後の願い | アスラン/ インフィニットジャスティスガンダム | リボンズ | アスランの共感Lv4 | |||
| この手で救えるものを | シン/デスティニーガンダム | フォウ(サイコ・ガンダム) | シンの共感Lv4 | |||
| 対話と武力介入 | ラクス | キラ、アスラン | 刹那 | ラクスの共感Lv4 | ||
| あなたを追って | ルナマリア | アスラン | ルナマリアの共感Lv4 | |||
| 俺たちのガンダム | 刹那/ダブルオーライザー | 指揮官がガンダム固定 (パイロットはランダム) | 刹那の共感Lv4 わかり合う者たちルート 「因縁の対決」クリア | |||
| 真実への旅 | リボンズ/リボーンズガンダム | リボンズの共感Lv4 「動き出す世界」クリア |